Câu lạc bộ bóng đá Đà Nẵng tiền thân là đội bóng đá Công nhân Quảng Nam-Đà Nẵng rồi đội bóng đá Quảng Nam-Đà Nẵng. Vào cuối thập niên 1980 đầu thập niên 1990 Quảng Nam-Đà Nẵng là một câu lạc bộ mạnh, đỉnh cao là chức vô địch quốc gia năm 1992, cùng 3 lần giành ngôi á quân (1987, 1990, 1991). Sau đó bóng đá Đà Nẵng chia tay một loạt cầu thủ và bắt đầu thoái trào. Năm 1997, đội hợp nhất với đội Cấp nước Đà Nẵng lấy tên gọi chung là Đà Nẵng. Đến năm 2001, Đà Nẵng đạt Á Quân Hạng Nhất 2000-01 và thăng hạng chuyên nghiệp cho đến nay.

Đến trước mùa giải V-League 2008, CLB bóng đá Đà Nẵng đổi tên thành SHB Đà Nẵng sau khi Sở thể dục thể thao TP Đà Nẵng chuyển giao đội bóng cho Ngân hàng SHB.

Một năm sau, trước khi V-League 2009 khởi tranh vài ngày, câu lạc bộ chính thức chuyển đổi mô hình hoạt động sang thành Công ty Cổ phần Thể thao. Công ty Cổ phần Thể thao SHB Đà Nẵng chính thức ra mắt vào ngày mùng 2 tháng 2 năm 2009.[1] Với mức đầu tư trên 55 tỉ đồng, mùa giải V-league 2009 là mùa giải thành công với câu lạc bộ SHB Đà Nẵng khi họ giành được cú đúp Vô địch quốc gia V-League 2009 và Cúp Quốc gia 2009.

Tại V-League 2009, bằng lối đá tấn công đa dạng và những pha bật tường nhuần nhuyễn một chạm rồi đưa lên trung lộ hoặc ra biên, SHB Đà Nẵng đã chinh phục khán giả trên cả nước và xứng đáng lên ngôi vô địch. SHB Đà Nẵng liên tục dẫn đầu giải từ vòng 6 và vô địch trước 3 vòng (lượt 23 gặp Nam Định) mặc dù tiền đạo vua phá lưới V-league 2 mùa trước-Almeida gặp chấn thương từ giai đoạn đầu của lượt về.

Tại Cúp Quốc gia 2009,SHB Đà Nẵng dễ dàng giành chiến thắng trước Thể Công bằng bàn thắng duy nhất của vua phá lưới V-League 2009 Gastón Merlo.

Hội Cổ Động viên của SHB Đà Nẵng cũng giành giải Hội cổ động viên xuất sắc nhất năm 2009,2012.

Tại vòng đấu cuối cùng V-League 2012, với kết quả Sài Gòn Xuân Thành và Hà Nội T&T cầm chân nhau với tỷ số hòa không bàn thắng sau 90 phút nghẹt thở trong trận cầu mang tính "chung kết" trên sân Thống Nhất đã tạo cơ hội cho SHB Đà Nẵng lặng lẽ vươn lên trở thành nhà vô địch của V-League 2012 nhờ thắng lợi 3-1 trong chuyến đến làm khách tại Ninh Bình.

Mùa giải V-League 2015, là một trong những mùa giải tệ hại nhất của thầy trò HLV Lê Huỳnh Đức khi họ chỉ có thể xếp vị trí thứ 9 chung cuộc, xếp ngay sau người anh em QNK Quảng Nam trên bảng xếp hạng. Ngoài ra, tất cả các tuyến trẻ của CLB đều thất bại và không đạt thành tích nào. Trước đó, sau 5 vòng đầu tiên không giành được chiến thắng, đã có những hoài nghi đặt lên chiếc ghế của HLV trưởng Lê Huỳnh Đức. Cũng tại mùa giải này, CLB đã chịu một tổn thất vô cùng lớn khi nguyên Chủ tịch danh dự CLB Nguyễn Bá Thanh qua đời vào ngày 13/2/2015. Để tưởng niệm ông, toàn đội đã mang băng tang ở trận đấu trên sân khách gặp CLB Đồng Tâm Long An. Còn về nguyên do thất bại, BLĐ đội bóng thừa nhận là do sự chuẩn bị, đầu tư của đội bóng thiếu chu đáo, công tác chọn lựa ngoại binh kém, cũng như thiếu sự quan tâm sâu sát ở các tuyến trẻ khi quyết định bỏ 2 lứa U-11 và U-13 vì lý do kinh phí.

Vào mùa giải V-League 2016, rút ra những bài học kinh nghiệm từ mùa giải trước, lãnh đạo CLB và BHL đã quyết tâm thay máu lực lượng khi đưa về những cái tên có chất lương trên thị trường chuyển nhượng như Thanh Hải (từ Long An), cựu đội trưởng Hoàng Anh Gia Lai Lê Hoàng Thiên hay cựu tuyển thủ Olympic Lâm Anh Quang (từ CLB Nam Định). Ngay sau khi kết thúc mùa giải 2015, SHB Đà Nẵng đã nhanh tay ký hợp đồng với tiền đạo người Mali Diabate Souleymane từ Long An, thế nhưng sau vài buổi tập cùng CLB mới, cầu thủ này đã gặp vấn đề về bệnh tim nên CLB đã đi đến quyết định thanh lý hợp đồng trước thời hạn. Để thay thế, BHL đã mời lại cựu Vua Phá Lưới V-League 2011 Gastón Merlo, ngoài ra, CLB còn ký hợp đồng với cầu thủ Jamaica Horace James từ giải VĐQG Malaysia và cầu thủ nhập tịch gốc Brasil Đinh Văn Ta. SHB Đà Nẵng còn nhanh tay kịp bổ sung 1 cầu thủ Việt kiều đến từ Mỹ là Minh Alva Vũ, nhưng do chưa kịp hoàn thành thủ tịch nhập quốc tịch Việt Nam nên cầu thủ này sẽ được đăng ký ở giai đoạn 2 của mùa giải. Liên quan đến danh sách đăng ký mùa giải 2016, HLV Lê Huỳnh Đức đã buộc phải loại hai tuyển thủ U-23 quốc gia là Võ Huy Toàn và Hồ Ngọc Thắng. Tại mùa giải này, CLB đã được thành tích rất đáng khen ngợi khi dành hạng ba chung cuộc với 49 điểm sau 26 vòng đấu, chỉ thua đội vô địch 1 điểm và Gastón Merlo lần thứ 4 giành danh hiệu vua phá lưới với 24 bàn thắng, cao nhất trong lịch sử của V-league.

Năm 2018 vẫn là một mùa giải thất bại của CLB khi chỉ giành được vị trí thứ 9, được 31 điểm sau 26 vòng đấu. Dưới sự dẫn dắt của HLV Nguyễn Minh Phương, đội bóng thi đấu rất hay trên sân nhà nhưng ở sân khách chỉ toàn hòa hoặc thua. Vì vậy sau khi kết thúc mùa giải, HLV Nguyễn Minh Phương đã đệ đơn xin từ chức và BLĐ đội bóng đã quyết định mời lại HLV Lê Huỳnh Đức về dẫn dắt đội bóng trong giai đoạn khó khăn này.

Năm 2019, BLĐ đội bóng đã ký kết với Công ty Cổ phần Kamito có trụ sở tại Nhật Bản về việc tài trợ trang phục thi đấu cho đội bóng. Đây là dấu ấn rất lớn trong việc chuyên nghiệp hóa CLB.

Năm 2020, ở vòng 6 V-League trên sân nhà, dù bị Hoàng Anh Gia Lai ghi bàn trước nhưng CLB đã lội ngược dòng, giành chiến thắng với tỷ số 3-1. Đây là một trong số những đội bóng hiếm hoi đánh bại Hoàng Anh Gia Lai trên sân nhà kể từ khi HAGL lên chơi V-League (2003) với 14 trận thắng, 3 trận hòa (2004, 2013, 2014) và 1 trận thua (2003).